《真人快打9》的游戏故事是紧接在八代《真人快打：末日战场》之后的情节，但时空背景会来到最初的一、二、三代的故事发生之际。故事主线会由雷神开始，就在绍康（Shao Kahn）要杀死他之际，他向过去的自己（一代）传递了讯息。
接着故事就会回到一代的时空，雷神会尝试去了解自己所接收到的异象和讯息，以避免一连串将会招致大毁灭的事件发生，因此这次的故事背景虽然回归到前三代，但故事剧情却会有着大幅度的变化。
玩家在《真人快打9》的故事进行当中将会切换到不同的角色，开发者表示，在一般的动作格斗游戏中，通常故事是最容易遭到忽略的部份。但在本作中，不同的举动将会影响故事有不同的发展。
游戏特色
1、游戏性与操作：真人快打9虽然游戏中的角色与环境皆是以3D成像，但本作的游戏进行环境仍然会限制在平面上。
2、独特的游戏模式：真人快打9游戏中将会有连线、双打模式、挑战之塔（Challenge Tower）等模式提供玩家选择。
3、出场角色：本作将会有26名角色栏位，并且有两个下载用的角色栏位、随机选角的栏位等，不过官方最新消息表示，《真人快打9》PC版不包括奎爷。.
常见问题
一、部分玩家进入游戏会提示D3D error，如下图一，这个是由于玩家的电脑采用了双显卡的原因，系统会自动检测到另一块辅助显卡作为主显卡，玩家只需要手动切换至独立显卡就可以正常进入游戏；
图一
N卡设置方法：右击进入显卡设置，选择全局设置，找到首选图形处理器，将其更改为高性能NV处理器，应用，正常进入游戏；
A卡设置方法：右击进入显卡设置中心，找到标准-图形适配器，切换为你电脑上的独立显卡，应用，正常进入游戏。
经测试，Windows 8操作系统按如上设置也还是会出现报错提示，这是由于游戏破解有问题，请玩家耐心等待修复补丁的放出。
